L’organo, all’epoca situato in abside, è attribuito all’organaro varesino Eugenio Biroldi nel 1819, e venne successivamente ampliato nel 1851 ad opera di Eugenio Maroni Biroldi. Lo strumento ha subito diversi importanti restauri: nel 1975, ad opera della ditta Tamburini di Crema, l’organo venne ampiamente restaurato e collocato in controfacciata su una doppia cantoria; nel 2022 la ditta Mascioni ha operato una ulteriore importante opera di restaura e di studio del materiale fonico.

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Interamente a trasmissione meccanica, l’organo è dotato di una tastiera di 61 tasti (La1-La5, spezzatura Do#3-Re3) e di una pedaliera di 24 pedali. La consolle a finestra dispone di registri a manetta disposti su due file a destra dell’organista, due pedaloni per il Tiratutti, per il Ripieno e la Combinazione libera alla lombarda e di quattro pedaletti per unione tasto-pedale, Terzamano, Ance e Mezzoforte.